La CNPS est gérée par un Conseil d’Administration dont la composition est fixée par décret sur proposition du Ministère de la fonction publique et du dialogue social.

Le Conseil d’Administration de la CNPS se compose outre son Président, des membres dont quatre représentants des travailleurs, quatre représentants des employeurs et quatre représentants de l’Etat ce, conformément aux dispositions de l’article 6 du code de Sécurité Sociale.

Les services de la CNPS sont placés sous l’autorité d’un Directeur  nommé par décret en conseil des ministres sur proposition du Ministère de tutelle et après avis du Conseil d’Administration.

Tous ces agents sont nommés par décret après avis du Conseil d’Administration. Leurs attributions sont définies par décret après avis du Conseil d’Administration.